Biyoloji Enstitüsü 1965 yılında kuruldu. 1967 yılında Hacettepe Üniversitesinin kurulmasıyla birlikte Üniversitenin Fen ve Mühendislik Fakültelerine bağlanan Biyoloji Enstitüsünün ilk Bölüm Başkanlığını Doç.Dr. Altan Günalp üstlenmiştir. 1971 yılında Hacettepe Üniversitesi Fen Fakültesinin kurulmasıyla birlikte Biyoloji Bölümü bu fakülte bünyesine katılmıştır. Biyoloji Bölümü Botanik, Moleküler Biyoloji ve Zooloji Bilim dallarından oluşmaktaydı. Hacettepe Üniversite Senatosunun 1976 yılında ki kararıyla mezuniyet sonrası eğitim düzeyinde Botanik, Genel Biyoloji, Moleküler Biyoloji ve Zooloji Bölümleri kurulmuştur. Daha sonra 1981 tarihinde yayımlanan yasa gereğince bu bölümlere Hidrobiyoloji eklenmiş ve Anabilim Dalı olarak isimlendirilmiştir. Bu Anabilim Dallarına 1992 yılında Biyoteknoloji, Ekoloji ve Uygulamalı Biyoloji Anabilim Dalları eklenmiştir.