Ekoloji Anabilim Dalı, önceleri Biyoloji Bölümü Zooloji Anabilim Dalı içerisinde yer alırken, 1992 yılından itibaren bağımsız bir anabilim dalı olarak eğitim-öğretim ve araştırma çalışmalarına başlamıştır. Ekoloji Anabilim Dalı Başkanlığı görevini ilk olarak Prof. Dr. M. Nihat Şişli ardından Prof. Dr. Ayşe Boşgelmez yürütmüştür ve şu anda da bu görevi Prof. Dr. Selim Süalp Çağlar yürütmektedir.

Adını gururla taşıdığımız sevgili hocamız Prof. Dr. M. Nihat Şişli’nin hem Hacettepe Üniversitesi’nin hem de Biyoloji Bölümü’nün kurucularındandır. Türkiye’de Ekoloji ve Çevre Bilimleri konularındaki öncülerden biri olan hocamız Prof. Dr. M. Nihat Şişli’nin adı, 2001 yılında Hacettepe Üniversitesi Senatosu’nun da onayıyla, anabilim dalımız bünyesindeki Ekoloji Laboratuarlarına verilerek “Prof. Dr. M. Nihat Şişli Ekolojik Bilimler Araştırma Laboratuarı (EBAL)“ oluşturulmuştur.

EBAL günümüzde ekoloji ve çevre bilimleri konusunda birçok araştırma ve eğitim faaliyetinin yürütülebileceği modern bir birim konumundadır Bünyesinde araştırma görevlileri, yüksek lisans ve doktora öğrencileri için modern bir ortak çalışma ofisi ve kütüphane, seminer ve toplantı salonu, kontrollü iklim odaları ve iklim kabinleri, Analiz, Morfometri ve Evrimsel Ekoloji (Pestisit Direnç, Moleküler Ekoloji, Coğrafi Bilgi Sistemi (GIS) ve Uzaktan Algılama) Laboratuarları yer almaktadır.

Ekoloji Anabilim Dalı’nda ağırlıklı olarak; vektör ve zararlı organizmaların biyo-ekolojisi ve mücadelesi, biyolojik kontrol ve entomopatojen nematodlar,, pestisitlere karşı direnç gelişimi ve bitkisel kökenli biyopestisit araştırmaları, moleküler taksonomi, populasyon ve kommünite ekolojisi, orman yangın ekolojisi ve orman süksesyonu, memeli ekolojisi, parazit ekolojisi, vektör kökenli virüslerin araştırılması, ekolojik türleşme ve filogoğrafya, biyolojik çeşitlilik ve koruma, ekolojik modelleme, ekosistem planlaması ve yönetimi konularında çalışmalar yürütülmektedir.