1976 yılında Biyoloji Enstitüsü’nün bölüm haline dönüştürülmesiyle Botanik, Zooloji, Moleküler Biyoloji ve Genel Biyoloji programları da bölüm olarak ayrılmıştır. İlk Botanik Bölüm Başkanı, 1981 yılında bir trafik kazasında hayatını kaybeden, Türkiye’nin en önemli bitki sistematikçilerinden olan ve bölümdeki 2 no’lu dersliğe adı verilen Doç. Dr. Hasan Peşmen olmuştur. Doç. Dr. Hasan Peşmen’nin Botanik Bölümü’ne en önemli katkısı bu gün HUB olarak tescil edilen Herbaryum’un kuruluşundaki öncü çalışmalarıdır. Botanik Bölümü kurulduktan sonra Bitki Sistematiği, Bitki Fizyolojisi, Bitki Anatomisi ve Palinoloji alt bilim dallarına ayrılmıştır. Bölüm olarak kurulan Botanik, günümüzde Anabilim Dalı olarak faaliyetlerine devam etmektedir. 
Botanik Anabilim Dalında ulusal ve uluslar arası düzeyde ilk kurulan merkez, Herbaryum olmuştur. Herbaryumun ilk kuruluş çalışmaları 1973 yılında sınırlı sayıdaki bitki örnekleri ile başlamıştır. Herbaryumun uluslararası tescili ise 1977 yılında HUB olarak yapılmıştır. Ulusal ve uluslararası bitki değişimi ve kullanımına açık olup sistematikçilerin önemli ziyaret merkezleri arasındaki Herbaryum, 42.000 bitki örneğine ve 6.000 civarında tür sayısına sahip olup bünyesinde 1500 endemik ve 150 tip örneği bulunmaktadır.

Bitki sistematiği biriminde yapılan çalışmalar, lokal floristik ve revizyon çalışmalarından ibarettir. Bir altyapı projesi ile geofit tipi bitkilerin yetiştirildiği zengin bir Hasbahçe kurulmuş ve araştırıcılar çalışmalarında buradan yararlanmaktadırlar. 

Bitki Fizyolojisi biriminde stres fizyolojisi çalışılmaktadır. Özellikle çevresel streslerin bitkilerde (Yüksek ve düşük sıcaklık, tuz, ağır metal, kuraklık v.s.) meydana getirdiği değişiklikler, in vivo ve intro olarak incelenmekte ve bu streslere karşı oluşturulan cevaplar; fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler düzeyde araştırılmaktadır.

Palinoloji alanında; aeropalinolojik, melisopalinolojik ve polen morfolojisi konusunda çalışmalar yapılmaktadır. Ayrıca son yıllarda olay yeri inceleme ekipleri tarafından gönderilen malzemelerde kriminal yönden palinolojik çalışmalar yapılarak adli hizmet de (Adli Palinoloji) sunulmaktadır. Palinoloji laboratuarında, 1500 farklı bitki türüne ait Türkiye’nin en zengin referans polen preparatı koleksiyonu bulunmaktadır. Palinolojiye bağlı olarak Arkeobotanik laboratuarı kurulmuş olup makrofosil bitki örnekleri üzerinde değerlendirmeler yapılmaktadır. Anabilim Dalında ayrıca sitogenetik ve sitotoksik çalışmalar da yapılmaktadır.

Botanik ABD’nda halen; 6 Profesör, 2 Doçent, 1 Yardımcı Doçent, biri doktoralı 2 Uzman, yine biri doktoralı 7 Araştırma Görevlisi görev yapmaktadır.

Botanik ABD’ında; 2010 yılına kadar 35 Yüksek Lisans, 24 Doktora tezi yaptırılmış, şu an 6 Yüksek Lisans ve 11 Doktora öğrencisi çalışmalarını sürdürmektedirler. Ayrıca toplam yaklaşık 82 ulusal ve uluslar arası destekli projelerde yürütücü ve araştırıcı olarak görev alınmıştır.